當醫師懷疑病人罹患感染症時，常會收集被感染部位的檢體做檢查，例如收集病人的痰液、尿液、血液、膿液等等可能被微生物感染的部分做微生物培養，其目的主要如下:

 

第一、鑑定確切引起疾病的病原菌，並且使醫師能夠更準確地使用抗微生物製劑。

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第二、若能鑑定出病原菌，可以協助醫師了解病原菌與疾病之關聯，例如多次培養出草綠色鏈球菌可能暗示病人罹患感染性心內膜炎。

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第三、相同感染之部位分離出不同的病原菌其臨床進程與預後會不同，例如血液中分離出大腸桿菌或黴菌其治療方式與預後完全不同。

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第四、提供感染症流行病學資訊，協助感染管制之監測。

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醫護人員在進行檢體採集時會以無菌操作技術進行，儘量於藥物治療前採取、取病灶部位，採檢後將檢體裝於正確容器中；接著盡速將檢體送達微生物室，做細菌培養，因存放時間太久時，污染菌會過度繁殖而導致培養結果失真，掩蓋真正的病原菌。

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一般而言，細菌培養報告的時間約需一週，但是有些病原菌會需要多點時間，例如培養及鑑定結核菌所需要的時間至少需要一至兩個月。然而，細菌培養也常常會沒有培養出細菌，這有可能暗示此感染症並非典型常見的細菌感染，或是因為檢體的取得的過程不完善導致檢體中細菌濃度不夠或沒有取到細菌，例如，病人無法順利吐痰導致呼吸道檢體多半為表皮細胞無法作細菌鑑定，或是蒐集尿液的過程並無留置到中段尿液導致尿液培養結果為汙染菌叢；也可能因為培養之前有病人已使用抗生素治療過，而影響細菌培養的結果。即使有培養出細菌，也要依照身體每個部位、細菌毒性以及病人疾病的狀況，判斷是否長出來的微生物是否為真正的致病原。

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當培養檢查尚未有結果時，醫師會先使用經驗性的抗生素治療，這樣的處置是基於過去統計上該感染症最可能的致病原而先使用的治療方式，待檢驗結果確定時再進行藥物的調整。抗生素治療是否有效，通常需要至少兩至三天的評估，觀察病人的臨床症狀是否有好轉，例如退燒、痰變少、休克情形是否變好等等。

因此微生物的培養結果對於感染症的治療扮演一個重要的角色，有品質及有效率的培養結果能協助臨床醫師更能對症下藥。